Bercerita John Shaft III (Jessie Usher) seorang agen FBI dan juga seorang pakar keamanan siber dengan memiliki gelar dari MIT. Setelah kematian sahabatnya yang mencurigakan, ia kemudian kembali ke ayahnya yang terasing, yaitu John Shaft II yang legendaris (Samuel L. Jackson) untuk mengungkap kebenaran. Ayah dan anak tersebut harus menavigasi neraka Harlem untuk dapat menyelesaikan kejahatan. Sepanjang perjalanan mereka bekerja sama dengan John Shaft generasi pertama (Richard Roundtree).