Bercerita organisasi Wille, yang dipimpin oleh Maya Ibuki, bekerja pada sistem yang dirancang untuk memulihkan kota ke keadaan sebelumnya. Setelah diserang oleh pasukan Nerv, mereka dipertahankan oleh armada Wunder dan Mari Illustrious Makinami di Unit-08. Mari mengalahkan para penyerang, dan tim Wille memulihkan Paris. Sementara itu, Asuka Shikinami Langley, Rei Ayanami dan Shinji Ikari, masih putus asa, sedang berjalan melintasi pinggiran Tokyo-3. Mereka akhirnya tiba di pemukiman yang terdiri dari para penyintas, dan bertemu dengan Toji Suzuhara, Hikari Horaki dan Kensuke Aida, yang sekarang sudah dewasa. Toji adalah seorang dokter dan memiliki anak dengan Hikari, sedangkan Kensuke adalah seorang teknisi, dan semuanya bersahabat dengan Shinji. Asuka mengungkapkan frustrasi dengan Shinji, memaksanya makan. Saat Shinji perlahan pulih, Rei menjelajahi desa dan menetap, bekerja sebagai petani. Shinji bertemu Ryoji Kaji, putra Misato Katsuragi dan mendiang Ryoji Kaji, yang meninggal karena menghindari Third Impact. Rei membutuhkan paparan LCL yang konstan dan tidak dapat mempertahankan dirinya sendiri, membusuk di hadapan Shinji.